未知的年代，神給世人以天罰——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有兩個人乘諾亞方舟活了下來。 1999年，冬月與碇唯在京都大學相識。不久之後，六分儀源堂和冬月相識。當時源堂和唯已經在交往中。源堂一邊接近唯，同時也一邊接觸她背後的組織Seele。 2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）發生。在南極大陸上發生了一起給地球帶來巨大浩劫的異變，造成海面水位上升、地軸扭曲。如同恐龍滅絕的傳說，巨大的隕石撞擊地球之後灰塵遮蓋天空，造成全球性氣溫下降。經濟崩壞、民族紛爭、內戰……