十七歲的武藏及其友人本位田又八一起離開作州出征。可是，軍隊戰敗了，而二人僥倖生存，為了保住性命，二人遂逃出戰場…… 變成逃兵後，一路被要剷除敗軍餘黨的武士們追殺，後得阿甲及朱實這對母女的幫助，武藏及又八得到一陣子的休息。後來因惹上敵人，又八與阿甲為了保命，背棄武藏逃走了。武藏為了向又八的親人交代而返回宮本村，途中因衝破門關卡而被追捕…… 返回宮本村的武藏被又八的母親、村民和官府一同設下陷阱圍困。武藏為了突圍而作出反抗。另一方面，因官兵的無能及為了盡快平息事件，澤庵聯同阿乙，一起出发捕捉武藏。武藏因飢餓及阿乙的出現而軟化，最後暈倒在阿乙懷中…… 清醒後武藏发覺自己被吊在寺前古樹上。多天任由日灑雨淋，在生死線上徘徊的武藏，就在要被之時，被澤庵所救，但澤庵卻帶其往「葬身之地」……
（彩色版只出版至單行本的第157話(約17卷)，後面的劇情可閱讀單選本或後續連載）