主要講述了，男主角岩岡哲無意看見了同班同學百雲在許願樹寫下的願望“請給我一個能理解我的朋友”，百雲因為性別認知障礙而常常穿著女裝上學而無法融入班集體，這讓哲想起女裝而無法被認可的哥哥，於是決定邀請她來自家的店【偽娘咖啡廳·QUESTION】打工。
能穿可愛的製服和能有一個容身之所，百雲很受感動，但是並不接受“偽娘”這個自稱，因為自己既不是“男孩子”也不是“女孩子”。
這與咖啡廳工作的各位的價值觀有所衝突，於是，圍繞著性別認知障礙的百雲、認為女裝只是愛好的鈴見奏、僅僅是扮演女孩子的天以及認為自己生錯性別的芽衣等人，雖不易也在努力著“想要理解你的一切”的故事開始了。