憧憬著神之塔塔頂的少女蕾哈爾獨自離開之後，為了尋找她，少年也隨之步入了神之塔。歷經艱險卻突然被蕾哈爾背叛，因此少年差點丟掉性命。蕾哈爾成為神之塔最大犯罪集團FUG的一員之後，少年為了搞清自己被蕾哈爾背叛的理由，決心再次登塔……