周囲に関わろうとせず「傍観者」であることを望む中學2年生の少年・天野雪輝は、見聞きした全てを攜帯電話の日記に付けていた。友人と呼べるのは、自分の空想した人物、時空王「デウス・エクス・マキナ」と彼の小間使い「ムルムル」だけである。

ところがある日、自分がまだ體験していないはずの未來が日記に書かれるようになる。それは空想のはずのデウスの仕業だったのだ。未來を知ることで調子に乗り、有頂天になる雪輝。しかしその後、同じように「未來日記」を持つ人間が自分を含め12人いることと、その12人による次期時空王の座をかけた殺し合いのサバイバルゲーム（內容的にはバトルロワイアル戦に等しい）が開かれていることを知る。

1stとなった雪輝はクラスメイトの我妻由乃が同じく未來日記所有者の2ndであること、自分に対する異常な偏愛を持ったストーカーであることを知る。彼女の協力を経て、連続殺人犯である日記所有者3rd火山高夫に殺される予知（DEAD END）を覆し撃退するが、この「奇跡を超える奇跡」により、雪輝は、他の日記所有者から命を狙われることになる。そして、雪輝は、由乃や他の日記所有者、クラスメイトや警察官西島の協力を受けながら、この殺人ゲームに立ち向かっていく。