《雨月》講述的是高中一年級的冬天，六合鴇時來到次世代博物館參觀了利用最先進技術舉辦的大江戶幕府末巡迴展。然而在散步途中，鴇時被突然出現的妖怪鵺襲擊，從而進入一個與江戶幕末時代相似，人與妖怪共存的名為“雨月”的異世界中。從鵺手中救出了鴇時的少女朽葉，一起參觀了幕府末巡迴展而來到“雨月”的篠野女紺，鴇時與他們一起探索著回到原來世界的方法。後來，鴇時遇到了站在人類一邊的巫女銀硃和站在妖怪一邊的梵天，並開始逐漸了解到自己的使命。為了回到原來世界而成為破壞“雨月”的人，抑或是為了守護“雨月”而放棄回原來的世界。