《秒速5センチメートル》由清家雪子作畫，自2010年5月25日於講談社发行的漫畫《月刊AFTERNOON》7月號開始連載，2010年7月號～11月號連載漫畫收錄於第一卷，2010年12月號～2011年5月號連載漫畫收錄於第二卷，全10話。漫畫單行本由日本講談社出版发行。漫畫繁體中文版單行本由台灣東販出版社出版发行。
★前情提要★ 
遠野貴樹在小學4年級的春天，和轉學到自己班上的篠原明裏相遇了。
因為雙親工作的緣故而常轉學的兩人，彼此意氣相投，兩人之間親密的情感終於發展成一段純純之愛。
可惜，兩小無猜並沒有持續多久，明裏與貴樹就得分別轉學到栃木和種子島。
在出發到種子島之前，貴樹頂著惡劣的天候來到栃木，與明裏奇蹟似的重逢，並且確認了彼此的想法。
在種子島升上高中的貴樹，卻在此時遇到了名叫澄田花苗的少女……