奇居子（ガウナ）と呼ばれる生命體によって太陽系が破壊された1000年後の未來。種の存続を賭けて繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する「播種船（はしゅせん）」を建造した人類は、太陽系を脫出して移民できる惑星を求め航海していた。

谷風長道（たにかぜ ながて）は祖父と2人で暮らしていた。祖父の死から3年たち食料が盡きたため米泥棒として捕まる。そこで、谷風はシドニア船員としての登録記録がなく、祖父は15年以上前に死亡扱いになっていたことを知る。谷風を引き取りに來た落合（おちあい）に連れられ、谷風の身元引受人になる艦長の小林から、ここが播種船「シドニア」であり、最下層部でいままで暮らしてきたことを知る。人型兵器「衛人（もりと）」の操縦士訓練生として抜擢され、星白閑（ほしじろ しずか）や科戸瀬イザナ（しなとせ いざな）と正規操縦士を目指す。